Čārlzs I izmantoja priekšrocību, lai novērstu uzmanību no sevis, lai pārrunātu slepeno līgumu ar skotiem, atkal solot baznīcas reformu. Saskaņā ar vienošanos skoti atguva Angliju Čārlzam un viņš tika atjaunots tronī ar nosacījumu, ka dibinās Presbiteriānismu uz trim gadiem. Lai gan skoti deva ievērojamu ieguldījumu Parlamenta uzvarā pirmajā Anglijas pilsoņu karā, taču otrajā un trešajā pilsoņu karā viņi atbalstīja karali.

1648. gada vasarā notika virkne ar rojālistu sacelšanos visā Anglijā un iebrukums Skotijā. Parlamentāristi apturēja sacelšanos pēc pāris sadursmēm, taču sacelšanās Kentā, Eseksā, Kamberlendā, Velsā un Skotijas iebrukums norisinājās ilgstoši, kas ietvēra daudz kaujas.

1648. gada pavasarī neapmaksāto parlamentāristu karaspēks mainīja puses Velsā. Pulkvedis Tomass Hortons izcīnīja uzvaru pār rojālistu nemierniekiem vienā no kaujām, un nemierniekus pārņēma Kromvels pēc ilgstošā divu mēneša aplenkuma. Sers Tomass uzvarēja rojālistu sacelšanos Kentā. Tomass pēc saviem panākumiem devās uz ziemeļiem, lai samazinātu Eseksu, kur ar savu dedzīgo, pieredzējušo un populāro līderi Seru Čārlzu Lūkasu ienāca ar lielu skaitu ieročiem. Tomass drīz iebruka Kolčestrā, kur atbaidīja ienaidnieku un apmetās tur uz ilgu laiku.

Anglijas ziemeļos ģenerālmajors Džons Lamberts cīnījās pret veiksmīgu kampaņu pret vairākiem rojālistu karavīriem. Parlamentārieši Kromvela vadībā iesaistīja skotus 17.-19. augusta kaujā. Kaujas rezultātā Kromvela karaspēks uzvarēja pār rojālistiem. Šī parlamentārā uzvara noslēdza otrā angļu pilsoņu kara beigas.

Gandrīz visi rojālisti, kas bija cīnījušies pirmajā pilsoņu karā, bija devuši savu vārdu neizmantot ieročus pret parlamentu, un daudzi no tiem, tāpat kā kungs Astlejs atteicās lauzt savu vārdu, piedaloties otrajā pilsoņu karā. Otrā pilsoņu kara laikā uzvarētāji neizrādīja žēlsirdību tiem, kas atkal centās iekarot zemi. Parlamentāristi lika nošaut seru Čārlzu Lūkasu un seru Džordžu Lislu. Parlamentārās valsts iestādes piespieda nāves sodus vairākiem pulkvežiem un ģenerālim. No pieciem nozīmīgiem rojālistu karavīriem, kuri bija nonākuši parlamenta rokās, četriem tika nocirstas galvas.

Čārlza I spelenie pakti un viņa atbalstītāju iedrošināšana lauzt viņu vārdu izraisīja Parlamentam diskusijas par to, vai karali atgriezt pie varas. Tie, kuri joprojām atbalstīja Čārlza vietu tronī, vēlreiz mēģināja apspriesties ar viņu. Nikns, ka parlaments turpināja iejaukties, viņš pavēlēja armijai doties uz parlamentu. Karaspēks arestēja 45 parlamenta deputātus. Rumpja parlaments saņēma rīkojumus Anglijas tautas vārdā tiesāt Čārlzu I par nodevību. Konstitucionālais monarhists atteicās piedalīties tiesā. Viņš atkāpās no armijas vadītāja amata, tādējādi atbrīvojot Kromvelam ceļu uz varu.

Tiesas beigās 59 tiesneši atklāja Čārlzu par vainīgu. Viņa nāves sods tika izpildīts 1649. gada janvārī. Pēc Čārlza I nāves soda izpildes, viņa vecākais dēls tika publiski pasludināts par karali.